Năm 1954, hoà cùng với đoàn người chiến thắng, Trường Đại học Y kháng chiến trở về Hà Nội, cùng với các bác sĩ nội thành tiếp tục xây dựng Trường Đại học Y Dược Hà Nội trong giai đoạn mới, giai đoạn xây dựng miền Bắc xã hội chủ nghĩa. Sau 8 năm kháng chiến chống Pháp, nền y tế và y học Việt Nam có một khoảng cách khá xa với thế giới. Thày trò Nhà trường đã phấn đấy rút ngắn khoảng cách này. Những phát triển của các chuyên ngành tim mạch, sốt rét, cắt gan... gắn liền với các tên tuổi Giáo sư Tôn Thất Tùng, Giáo sư Đặng Văn Ngữ, Giáo sư Đặng Văn Chung... nên Y học thế giới bắt đầu biết đến nền Y học non trẻ của Việt Nam.

Năm 1965, khi không lực Hoa Kỳ oanh tạc miền Bắc, mở rộng cuộc chiến tranh xâm lược trên toàn bộ lãnh thổ nước ta, cùng với cả nước chi viện cho miền Nam, thày trò Trường Y lại lên đường, có mắt trên mọi miền đất nước, từ Bắc chí Nam, từ hải đảo cho tới miền núi cao, từ các chiến trường miền Nam cho đến chiến trường Lào. Nhiều người đã năm lại chiến trường như Giáo sư Đặng Văn Ngữ, bác sĩ Phạm Ngọc Thạch ... Để đảm bảo đào tạo, một lần nữa Nhà trường lại sơ tán lên núi rừng Thái Nguyên, sinh viên từ năm thứ nhất và năm thứ hai học khoa học cơ bản và y học cơ sở tại đây, sau đó về Hà Nội và các tỉnh đồng bằng sông Hồng thực tập lâm sàng.

Năm 1975, khi đất nước hoàn toàn giải phóng, Trường Đại học Y Hà Nội một mặt củng cố để ổn định phát triển, một mặt tiếp tục chi viện nguồn lực con người cho các trường đại học phía Nam như Đại học Y Huế, Đại học Y dược Thành phố Hồ Chí Minh, Y khoa Cần Thơ, Y khoa Thái Nguyên. Những hiệu trưởng hoặc khoa trưởng của các trường này đều nguyên là cán bộ, sinh viên của Trường Đại học Y Hà Nội như Giáo sư Nguyễn Đình Hối, Giáo sư Võ Phụng, Thạc sĩ Phạm Hùng Lực...

Từ đầu những năm 90, hoà chung với công cuộc đổi mới đất nước, Trường Đại học Y Hà Nội đã vận động theo hai hướng: phát triển những mũi nhọn của y học chuyên sâu như tim mạch, ghép tạng... một mặt phát triển những nghiên cứu của sức khoẻ cộng đồng, mở rộng hợp rác đa phương với hầu hết các nước trong khu vực và trên thế giới như Pháp, Mỹ, Hà Lan, Thuỵ Điển, Australia, Indonesia, Nhật Bản... tại trường Đại học Y Hà Nội nhiều hội nghị khoa học quốc tế đã được tổ chức như Hội nghị Tim mạch, Hội nghị Thận - Tiết niệu, Hội nghị Chấn thương chỉnh hình .... Qua các hội nghị này, uy tín của Nhà trường ngày càng được nâng lên. Nhiều hợp tác nghiên cứu quốc tế đã được mở ra. Bên cạnh việc đào tạo và gửi các bác sĩ trẻ của Việt Nam sang nước ngoài học tập, hàng năm Nhà trường còn nhận thêm trên dưới 50 sinh viên nước ngoài từ Pháp, Đức, Thuỵ Sĩ, Australia, Anh... đến thực tập tại các bệnh viện Hà Nội.

Gần 100 năm phát triển, Trường Đại học Y khoa Hà Nội luôn gắn bó với Hà Nội nói riêng và cả nước nói chung. Không ít quốc gia trên thế giới đã biết đến trường Đại học Y Hà Nội trong quá khứ, trong hiện tại, và chắc chắn cả trong tương lai. Đến nay Nhà trường đã đào tạo trên 17.000 bác sĩ chính qui, khoảng 10 ngàn học viên sau đại học. Đi đến bất cứ nơi nào trên đất nước Việt Nam ta đều thấy có những dấu ấn của Trường Đại học Y Hà Nội. Và điều đó là niềm tự hào của thày và trò Trường Đại học Y khoa Hà Nội.