Từ đầu Thế chiến 2 (1940-1945), để thay thế thuốc ngoại, một số nhà thuốc đã bắt đầu sản xuất biệt dược bằng phương tiện thủ công của phòng pha chế theo đơn. Các loại thuốc tiêm của dược sĩ Hồ Ðắc Ân (Sài Gòn), cốm biogénine và thuốc ống Lécithine của Phạm Doãn Ðiềm (Huế), thuốc tiêm dầu Camfozu và Cajeputzu của Ðỗ Tất Lợi, Lait LSA của bà Hoàng Xuân Hãn, thuốc đánh răng Éclat dArgent của bà Nguyễn Ðình Hoàng (Hà Nội)..., đã lưu hành khắp Ðông Dương. Dầu Khuynh Diệp Viễn Ðệ (Huế), thuốc sản xuất theo phương pháp cổ truyền dân tộc của Võ Văn Ngân (Sài Gòn), Ích Hoa Sinh (Nam Ðịnh) cũng đã được biết trong cả nước.
Trong kháng chiến chống Pháp, đã hình thành các xưởng dược quân dân từ Việt Bắc đến Khu III-IV, Khu V và Nam Bộ, và trong kháng chiến chống Mỹ đã được tái lập lại tại miền Trung, miền Ðông và miền Tây Nam Bộ và tiếp tục hoạt động cho đến khi hết chiến tranh (1975).
Mặc dầu công nghệ hoàn toàn thủ công, phải khắc phục những khó khăn thiếu thốn về trang thiết bị, nguyên liệu, tá dược, bao bì, nhờ nghiêm ngặt tôn trọng y đức, y đạo của người dược sĩ, thuốc nội đã góp phần bảo vệ sức khỏe cho nhân dân suốt 50 năm chiến tranh.
Sau 1954 các xưởng thủ công thời kháng chiến (kể cả từ miền Nam tập kết ra) đã được tập trung tại Hà Nội, Hải Phòng, hình thành các XNDPTW1,2,3 và XN Hóa dược (XNHD) ngày nay. Tại Sài Gòn, các nhà thuốc của các DS Hồ Ðắc Ân, Cổ Trung Ngôn, Trương Văn Chôm, La Thành, Trang Hai, Bùi Ðình Nam... vẫn tiếp tục sản xuất thuốc đặc chế cùng với các nhà thuốc của các Ds. Trương Văn Vĩnh, Ðặng Mộng Lộc, Cường-Lắm, Ðặng Quốc Cơ, Ðặng Quốc Cường, Nghiêm Xuân Hàm... từ Hà Nội, và Phạm Doãn Ðiềm, Cao Thăng từ Huế chuyển vào. Từ quy mô nhỏ, thủ công nâng dần lên, các cơ sở này đã trở thành một số Viện bào chế (VBC) quy mô công nghiệp hiện đại theo trình độ của thập kỷ 60, sản xuất nhiều mặt hàng nhượng quyền của nước ngoài, và sau 1975 đã được sắp xếp lại thành các XNDP 2/9, 3/2 của TP, 150 của quân đội, XNDP An Giang và XNDP TW 23, 24, 25, 26, Cty Vidipha, Cty Bao Bì Dược của TW ngày nay. Cũng theo đường huớng đó, từ 1966 ở miền Bắc và từ sau 1975 ở miền Nam, đã hình thành các XNDP địa phương của tỉnh, đến nay đã có một số XN khá hiện đại như Hậu Giang, Ðồng Tháp
